Підхід "кандидатних генів" і метааналіз при ідентифікації алелей групи ризику

В останні 15 років спостерігається експоненціальне зростання числа досліджень, присвячених виявленню генів-кандидатів для виникнення ІХС. Однак відсутність відтворюваності даних по аллелям кандидатних генів і їх зв`язку з ризиком ІХС заронило сумніви серед представників епідеміологічної генетики. Велика їх частина відноситься все ж до досліджень якоїсь однієї однонуклеотидний заміни, яка може виявитися простим поліморфізмом і нічого не означати. В даний час подібні дослідження зводяться до так званого метааналізу, що аналізує ту чи іншу нуклеотидную заміну в багатьох популяціях. За останні роки опубліковано кілька метааналізу (табл. 1).
Таблиця 1
Список генних варіантів з опублікованими результатами по метааналізу ризику розвитку ішемічної хвороби серця. При декількох проведених аналізах на одному і тому ж генному варіанті показана тільки посилання на останні результати 

ген (Варіанти)

генотип, асоційований з ризиком

Кількість досліджень (кількість випадків)

Ефект (95% ДІ)

Посилання

AT1R (1166А gt; С)

З +

27 (10,180)

1,13 (1,04- 1,23)

Ntzani et al., 2007

ММРЗ (5А / 6А)

5А +

8 (3655)

1,26 (1,11- 1,4)

Abilleira et al., 2006

ММР9 (1562С gt; Т)

Т +

5 (4817)

1,11 (1- 1,3)

Abilleira et al., 2006

АроЕ &epsilon-2, 3, 4

2 + 4 +

121 (37,850)

0,8 (0,70- 0,90)

1,06 (0,99- 1,13)

Bennet et al., 2007

LTA (10G gt; А)

А +

7 (10,996)

1,09 (1,02- 1,16)

Clarke et al., 2006

LPL (N291S)

S +

21 (1203)

1,48 (1,09- 2)

Hu et al., 2006

AGT (Т174М) (М235Т)

М +

Т +

43 (13478)

1,07 (0,93- 1,22)

1,11 (1,03- 1,19)

Xu et al .. 2007

F5 (1691G gt; A)

F7 (10976G gt; A)

F2 (20210G gt; A)

PAI1 (4G / 5G)

GP1A (807C gt; T)

GP1BA (5T gt; C)

GP3A (1565 C gt; T)

А +

А +

А +

5G +

Т +

З +

Т +

60 (15,704)

24 (7444)

40 (11,625)

37 (11,763)

15 (6414)

14 (6652)

43 (16,984)

1,17 (1,08-1,28)

0,97 (0,91-1,04)

1,31 (1,12-1,52)

1,06 (1,02-1,1)

1,02 (0,97-1,08)

1,05 (0,96-1,13)

1,03 (0,98-1,07)

Ye et al., 2006

IL6 (174G gt; С)

З +

8 (4799)

1,12 (0,97- 1,29)

Sie et al., 2006

F13 (V34L)

L +

12 (8743)

0,79 (0,66- 0,93)

Shafey et al., 2007
Один з найбільш вивчених генів кодує плазмовий аполіпопротеїн E, який називається ApoE. Найбільш поширений ApoE-аллель - Е3. Також існують два інших варіанти - Е4 і Е2 (поширеність даних алелей серед жителів Європи становить 0,15 і 0,07 відповідно). Зміни послідовності ДНК цього гена зачіпають дві заряджені амінокислоти, які впливають на плазмовий кліренс білка і багатих ХС ліпопротеїдів, що несуть цей білок. Як наслідок (рис. 1), існує зв`язок даних алелей з уровенем плазмових ліпідів (аллель E2 знижує їх концентрацію, а Е4 - підвищує), це призводить до того, що алеллю Е2 трохи знижує ризик розвитку ІХС, а Е4 незначно його підвищує.
Метааналіз впливу генотипу ApoE на ліпіди плазми і ризик розвитку ішемічної хвороби серця. Для кожного дослідження контрольну групу становили некурящі люди з генотипом 3 3. Змінено (з дозволу): Bennet A.M., Di Angelantonio E., Zheng Y. et al. Association of apolipoprotein E genotypes with lipid levels and coronary risk // JAMA. - 2007. - N. 298. - P. 1300-11.
Мал. 1. Метаанализ впливу генотипу ApoE на ліпіди плазми і ризик розвитку ішемічної хвороби серця. Для кожного дослідження контрольну групу становили некурящі люди з генотипом 3 3. 
Змінено (з дозволу): Bennet A.M., Di Angelantonio E., Zheng Y. et al. Association of apolipoprotein E genotypes with lipid levels and coronary risk // JAMA. - 2007. - N. 298. - P. 1300-11.
Silvia G. Priori, Carlo Napolitano, Steve E. Humphries і James Skipworth
Генетичні аспекти серцево-судинних захворювань

Поділитися в соц мережах:

Cхоже