Портативний пристрій для секвенування днк допоможе урологів

Відео: Геном зебровой амадини покаже, як птахи навчилися співати

Дослідники з Університету Східної Англії пропонують використовувати портативний пристрій для секвенування ДНК MinION для більш ефективного лікування інфекцій сечовивідних шляхів (ІМП).

Секвенування ДНК допоможе лікарям своєчасно ідентифікувати збудника і призначати найбільш відповідний антибіотик.

Вчені вперше застосували інноваційний пристрій MinION для нанопорового секвеніованія ДНК з метою виявлення конкретних мікроорганізмів в зразках сечі.

Вони відзначають, що цей метод в 4 рази швидше у порівнянні з традиційним посівом.

Пристрій може не тільки назвати вам бактерію, з якої ви маєте справу, а й визначити її чутливість до антибіотиків, яка також закладена в ДНК. Вчені кажуть, що завдяки цьому можна швидко почати лікування ІМП найбільш ефективними антибіотиками і уникнути призначення препаратів широкого спектра.

Результати роботи британських дослідників були презентовані на чотириденної медичної конференції ICAAC / ICC Американського товариства мікробіології і Міжнародного товариства хіміотерапії, яка пройшла в Сан-Дієго.

Професор Девід Лівермор (David Livermore) з Медичної школи Норвіча UEA каже: «Інфекції сечовивідних шляхів серед найбільш частих причин призначення антибіотиків. У більшості випадків ІМП протікають легко, але іноді вони представляють серйозну загрозу. Важкі ІМП нерідко призводять до госпіталізації, особливо коли мова йде про літніх пацієнтів ».

«У найгірших випадках інфекція потрапляє в кров, розвивається стан під назвою уросепсис. В Англії в 2014 році було зареєстровано понад 30 тисяч випадків сепсису, викликаного Escherichia coli. В основному це уросепсис. Антибіотики в таких випадках рятують життя, але їх необхідно вибирати швидко і правильно. Лабораторні тести займають 2 дня, тому лікарі відразу призначають антибіотики широкого спектру, щоб покрити всі. Це нераціональне і небезпечне лікування, через якого сьогодні ми маємо проблему антибіотикорезистентності », - пояснює суть проблеми Лівермор.

На думку професора, нова технологія секвенування ДНК дозволяє замінити «килимові бомбардування» антибіотиками широкого спектра на «точкові удари» за допомогою препаратів вузького спектра, причому зробити це дуже швидко, вже в перший день лікування.

Для своєї роботи вони вибрали портативний прилад Nanopore MinION виробництва компанії Oxford Nanopore Technologies. Це пристрій розміром з флешку, яке здатне провести повне секвенування ДНК всіх бактерій в зразку всього за 12 годин - вчетверо менше, ніж займає традиційний посів.

«Пристрій точно визначає і вид бактерії, і її резистентність до антибіотиків. Результати надійні і дозволяють почати лікування «правильним» антибіотиком вже в першу добу. Ця технологія може справлятися з багатьма іншими клінічними завданнями, не тільки з лікуванням ІМП », - пишуть винахідники.

Правда, попереду є ще проблеми, які належить вирішити. Поки пристрій працює тільки із зразками, в яких міститься велика кількість бактерій. Крім того, не всі мутації, що відповідають за антибіотикорезистентності, були включені в програму.

Професор Лівермор заявив: «Сьогодні дуже важливо якомога швидше подолати всі ці труднощі і замінити застарілий підхід до підбору антибіотиків. Це особливо актуально, якщо врахувати зростаючу антибіотикорезистентності і брак принципово нових препаратів ».